农村农业污染又被称为面源污染，除工业污水和城市生活废水外，面源污染是造成河湖水质不断恶化的另一个重要原因。尤其在实现了工业污染源排放总量控制和加快城市污水处理厂建设后，面源污染对水体的影响将会越来越突出。
来自滇池的监测报告表明，因面源污染带入滇池的总磷和总氮已分别占到这些污染物入湖总量的64％和52．7％。而总磷和总氮是造成滇池严重富营养化的主要污染物。在太湖和巢湖，面源污染同样是造成湖水富营养化的主要原因。
面源污染包括含化肥、农药的农田径流，未经处理随雨水进入河流的村镇生活垃圾、固体废弃物等。由国际组织参加的一项研究成果表明，造成杭州湾水污染的主要贡献者，不是工矿企业，也不是城市生活污水，而是农业农村污染，其中农药、化肥污染和禽畜粪便污染尤为突出。近几年，由于禽畜养殖业从分散的农户养殖转向集约化、工厂化养殖，禽畜粪便污染大幅度增加，成为一个重要的面源污染源。据调查，养殖一头牛产生并排放的废水超过22个人生活产生的废水，而养殖1头猪产生的污水相当于7个人生活产生的废水。北京近郊禽畜养殖场排放的有机物污染，相当于全市工农业生产污水和生活废水中所含的有机污染物的2－3倍。在黄浦江流域，禽畜粪便中COD、总磷、总氮等污染占了全流域污染物总负荷的36％以上。
过量使用化肥造成的面源污染同样惊人。据调查，目前我国每公顷土地使用的化肥已经超过400公斤，而化肥的利用率仅为40％，大量的化肥随着农田径流流入了江河湖泊。
农村固体废弃物带来的水污染也不容忽视。据《滇池流域农业面源污染控制专题调研报告》中的数据，滇池流域每年有32万吨固体废弃物流入滇池，其中有人畜粪尿24万吨。这些废弃物含总磷426．6吨，总氮1167吨。
农村农业污染对水环境的破坏越来越大，后果也越来越严重。但是目前我们对农村农业污染的治理却是刚刚提上议事日程，没有明显的行动和有效的措施。即使在“三河三湖”重点治理工程中，面源污染的治理也仅仅是在可行性研究阶段，或是在小范围的试验示范中，还没有一个完整的面源污染治理规划。
农村面源污染种类繁多，产生量大，分布面广，治理难度较大。它是一项系统工程，其中包括农村垃圾、人畜粪便、作物秸秆等固体废弃物及生活污水、生产废水的处理，化肥的减量合理使用，农药和有机物的控制，水土流失的治理等等方面。但是，水污染的严峻形势不等人，我们必须尽快加大面源污染治理的力度，各部门协同作战，增加面源污染治理的投入，结合生态农业建设，实施综合整治措施，在治理面源污染的同时，使流域农村社会、经济进入可持续发展的良性循环。
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